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由于反应温度低如4℃而导致反应速率相当慢，使得肽缩合反应通常需要几天才能完全。  对于较长的n端保护的肽链，酯基的肼解一般比较困难，因此，使用正交的n保护肼衍生物是一种选择。在肼基的选择性脱除后，按倒接backing-off策略组合的肽片段可以用于-缩合。

如前所述，虽然-法一直被认为是消旋化倾向的缩合方法，但在反应中，过量的碱会诱发相当大的消旋。因此，在缩合反应期间要避免与碱接触，例如，-组分的铵盐应采用n，n－二或n－代替三-来中和。  

对于长肽的多肽合成来说，一般有逐步增长和片段缩合两种伸长肽链的方式，前者是由起始的-酸(或肽)开始。每连接一次，接长一个-酸，后者则是用n保护肽同c保护肽缩合来得到两者长度相加的新的长肽链。

对于多肽合成中含有谷氨酸、天冬氨酸、赖氨酸、-、组氨酸、半胱氨酸等等带侧链功能团的-酸的肽来说，为了避免由于侧链功能团所带来的副反应，一般也需要用适当的保护基将侧链基团暂时保护起来。